Уверен, что очень скоро сам забуду, почему же выбрал Ninject, так что оставлю здесь пару причин. До недавнего времени использовал Unity, но пришло время что-то менять :)
Ninject vs Unity — если «made by Microsoft» для многих является аргументом «за», то для меня, подсознательно, совсем наоборот :) По факту — Unity слабо развивается, и интеграции в MVC «из коробки» в нём банально нет. Ключевым аргументом к отказу от Unity стало отсутствие PerRequestLifetimeManager (синглтон в рамках одного запроса, очень полезен для Session/ObjectContext).
Ninject vs Castle Windsor — windsor как-то совсем не обрадовал. Опять-таки нет встроенной интеграции в MVC, нет инъекции в проперти (а в атрибуты иначе никак), и нет резолвинга классов, без их предварительной регистрации. Собственно, до «тестового приложения» здесь даже и не дошло. Совсем плохо.
StructureMap и AutoFac не рассматривались, уж больно понравилась ninject-овская интеграция :) Встает из nuget, настройки не требует вовсе (в контроллеры и атрибуты всё замечательно инъектится), очевидное место вставки регистраций, приятный синтаксис и множество тонких настроек. Да, выбор очевиден :)
Да, по скорости Ninject уступает и кастлу, и юнити, но производительность здесь не настолько критична — даже если отличие «в разы» — то все равно разница при создании десятка объектов — микросекунды. Преждевременно оптимизировать такие тонкие моменты не будем :)